商业房产交易过程中，卖方需重点关注以下税种：增值税（或营业税）、土地增值税、个人所得税以及印花税。不同税种的计算方式与征收标准存在显著差异，准确识别应税项目是合规纳税的第一步。
对于2016年5月1日后取得的不动产，增值税按照差额征收（售价-购置原价）×5%；若无法提供原值凭证，则按全额征收5%。特殊情况下可适用简易计税方法。
采用超率累进税率30%-60%，需提交房产评估报告。合理利用普通标准住宅免税政策可降低税负，但商业门面通常不适用该优惠。
通过持有年限规划可显著影响税负：持有满2年可减免增值税，满5年且为家庭唯一生活用房可免个人所得税（但商业房产通常不适用）。建议提前3年进行税务架构设计。
装修费用、贷款利息等合理支出可纳入扣除项，但需提供完整财务凭证。建议建立专门的资产台账管理各项成本支出。
实践中易出现的三大错误：混淆住宅与商业房产税收政策、错误计算持有年限起止时间、遗漏附加税费申报。需特别注意跨地区交易的预缴税款要求。
近期部分试点城市推行以票控税新政，要求提供完整交易链票据。建议密切关注不动产登记与税务系统的数据联网进展，这将直接影响纳税申报流程。
建议交易前委托专业机构进行税务健康检查，制作《税务影响分析报告》。对于大宗商业房产交易，可考虑分期付款等结构性安排优化税负。
注：本文所述政策基于现行税收法规，具体执行需结合地方实施细则。建议在实际操作前咨询专业税务顾问获取个案指导。